Après nous avoir dévoilé la Grande Bibliothèque, le Phare d'Alexandrie et la reine d'Egypte, Nobilis nous communique finalement les tenants et aboutissants de l'aventure que sera Cléopâtre : Le Destin D'Une Reine.

Le joueur sera plongé dans une période tourmentée de l'Egypte antique et devra aider la reine Cléopâtre à prendre les bonnes décisions pour rétablir son autorité et la paix dans l'empire alors que la guerre civile fait rage entre ses partisans et ceux de Ptolémée, son frère et époux. Dans la peau de Thomas (un prénom qui fait bien égyptien, y a pas à dire...), un jeune apprenti, le joueur découvre que Akkad son maître en astronomie et astrologie également aux ordres de Cléopâtre, et sa fille Iris, dont il est amoureux, ont été enlevés. Il décide de partir sur leurs traces.

Thomas apprend ainsi que Cléopâtre avait demandé à Akkad de lui faire une divination et que les partisans de Ptolémée sont à l’origine des enlèvements. Cléopâtre et Thomas décident de s’allier : elle promet que ses gardes retrouveront Akkad et Iris en échange de tablettes nécessaires à la divination. Ses recherches amèneront Thomas à explorer des lieux mythiques tels que la Bibliothèque ou le Phare d’Alexandrie, tous deux reconstitués avec précision. Arrivera-t-il à sauver son maître et sa bien-aimée afin qu’ensemble ils puissent décrypter les astres ? Le destin de l’Egypte et de sa Reine sont entre ses mains car sans cette prophétie, tout serait perdu.